标准核酸序列可分为植物来源、动物来源、微生物来源及重组生物制品的鉴别或鉴定用标准核酸序列等。
1.植物来源
植物来源的标准核酸序列系指用种属来源明确的植物样本按dna测序技术指导原则测定得到的标准序列，可用于植物来源的物种如中药材、中药饮片或提取物等的原植物鉴别或鉴定。
2.动物来源
动物来源的标准核酸序列系指用种属来源明确的动物样本按dna测序技术指导原则测定得到的标准序列，可用于动物来源的物种如中药材（含饮片）和动物来源的生化药、生物制品或药用辅料等的原物种鉴别或鉴定。
3.微生物来源
微生物来源的标准核酸序列系指用种属来源明确的微生物样本按dna测序技术指导原则测定得到的标准序列，以及《伯杰氏系统细菌学手册》收载的核酸序列，可用于生产、检定及质控用菌毒种、污染的外源微生物等的鉴定和溯源。
4.重组生物制品
重组生物制品的标准核酸序列系指用种属来源明确的生产用的工程菌、毒种或生物技术产品等按dna测序技术指导原则测定得到的标准序列，可用于用菌毒株和动物细胞基质等的原物种鉴别或鉴定。