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无菌室应备有工作浓度的消毒液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。无菌室应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照灭菌30分钟。供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球消毒外表面。每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管。接种针每次使用前后，必须通过火焰灼烧灭菌，待冷却后，方可接种培养物。带有菌液的吸管，试管，培养皿等器皿应浸泡在盛有5%来苏尔溶液的消毒桶内消毒，24小时后取出冲洗。

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